Profil: 3406 project | DonanımHaber Forum

Şimdi Ara

@3406 project

Takip Et 0 takipçi

Özel Mesaj

03 Nisan 2013
Tarihinde Katıldı

Takip Ettikleri
0 üye

Görüntülenme
Toplam: 2 (Bu ay: 0)

Fırsat Ekle

Gönderileri

Tümü (2)

Sadece Konular (2)

Sadece Bağlantılar (0)

3406 project (Anakin Skywalker) · İş ve Sektörel Programlar altına konu açtı. 11 yıl

Rasmol Türkçe Kullanım Klavuzu

Merhabalar Sayın Donanım Haber forumu yazarları ve Yandex, Google gibi arama motorlarından buraya ulaşmış ziyaretçiler.

RasMol isimli programın kullanımını Türkçe anlatan kaynaklar neredeyse hiç yok. Bu eksikliği gidermek için böyle bir başlığı açma ihtiyacı duydum. Lütfen siz de 2 dakikanızı ayırıp üye olun ve bilgilerinizi forumumuz vasıtasıyla tüm Türkiye'ye paylaşın.

Tıp, Eczacılık, Diş Hekimliği, Biyoloji, Moleküler Biyoloji ve Genetik, Biyomühendislik alanında lisans, yüksek lisans, doktora ve sonrası için çok önemli bir program olan RASMOL'ü elimden geldiğince anlatmaya çalışacağım.

RasMol bizim detaylı yapısını görmek istediğimiz proteininhttp://www.rcsb.org/pdb/home/home.do sitesinden .gz uzantısı ile indirdiğimiz dosyasını açan bir uygulamadır.http://www.rasmol.org/ sitesinden indirilen bu uygulama ile temel olarak proteinin istediğimiz sekanslarını, zincirlerini, amino asitlerini, atomlarını vb. seçip üzerinde çalışmalar yapabiliriz.

SwissPdbWiever'a göre kullanımı daha basit olan RasMol programı basit bir görüntüleme ekranı ve komut ekranı içerir.

İlk olarak indirdiğimiz proteini zip'den çıkartırız ve RasMol ile açarız.

Görüntüleme penceresinde üstteki Display seçeneği farklı şekillerde proteini görmemizi sağlar. Örneğin Alfa Helix ve Beta Sheet görünümünü elde etmek için Cartoons seçeneğini seçmemiz gerekir.

Program Default yani varsayılan olarak tüm sekansı seçer ve yaptığınız seçimleri tüm proteine uygular. Ama spesifik bir sekans seçmek için şu komutu girmeniz gerekir;

select 23-184 (23 ve 184 dahil olmak üzere bu Amino Asit sekanslarının olduğu bölgeyi seçer)

ya da

select 23 (sadece 23. Amino Asidi seçer)

Bu aşamadan sonra yapacağımız değişiklikler o sekansı etkileyecektir.

Bunun dışında sekans değil de Chain yani zincir de seçebiliriz. Açtığımız proteinin diyelim 2 adet zinciri olsun. Bu zincirler proteinin ilgili PDB sayfasında yazar A,B gibi mesela.
Biz diyelim ki A zincirini seçmek istiyorsak

select :a deriz ve a zincirini seçmiş oluruz.

hatta a zincirindeki 30 ile 46'ıncı amino asitlerin arasını seçmek istersek;

select 30-46:a deriz ve o bölgeyi seçeriz.

Seçtiğimiz bölgeleri renklendirebiliriz de. Şöyle ki;

colour red

dersek seçtiğimiz bölgeyi kırmızıya boyarız.

bunu dışında arkaplan rengini de değiştirebiliriz.

background white

dersek arkaplan beyaz olur.

Eğer proteinin belli bölgesi kalacak şekilde kesmek istiyorsak da restrict komutunu kullanırız. Örneğin;

restrict 35-790:c

dediğimizde c zincirinin 35 ile 790 arasındaki (onlar da dahil) bölgesi dışındaki tüm bölgeyi siler.

Bunun dışında istediğimiz amino asidi de select komutu ile seçebiliriz. Şöyle ki diyelim ki Lysine Amino Asidini seçmek istiyoruz

select lys deriz

ya da özel bir Lysin ise mesela

select Lys603 diyebiliriz

hatta özel bir zincirdeki Amino Asidi de seçebiliriz

select lys603:b

gibi.

Arkadaşlar bunlar çok temel bilgiler olsa da internette benzeri Türkçe hiç bir bilgi olmadığı için umarım işinizi görür.

Lütfen siz de daha detaylı bilgiye sahipseniz buraya yazın, unutmayın ki bilim paylaşarak gelişir.

Hepinize kolay gelsin.

Yanıt Yok

Yanıtla

Favorilere Ekle

3406 project (Anakin Skywalker) · Delphi / C++ /Vb altına konu açtı. 12 yıl

C ödevime yardım lazım

1 Yanıt

Yanıtla

Favorilere Ekle

Hakkında

Meslek: Üniversite Öğrencisi

Forum İmzası:

[simage]http://imgim.com/1000px_one_ring_inscription_converted.gif[simage]

Resimler

https://forum.donanimhaber.com/cache-v2?path=https%3a%2f%2fforum.donanimhaber.com%2fstore%2f1b%2f9b%2ff3%2f1b9bf39f325c760933a0a60eb177fbcd.png&t=1&text=0&width=87

https://forum.donanimhaber.com/cache-v2?path=https%3a%2f%2fforum.donanimhaber.com%2fstore%2f50%2f2e%2fd9%2f502ed9e0dd23a7b80288a6c01679817f.png&t=1&text=0&width=87

https://forum.donanimhaber.com/cache-v2?path=https%3a%2f%2fforum.donanimhaber.com%2fstore%2f5e%2ff9%2f51%2f5ef951c30def6a0ed89ea027030901d2.png&t=1&text=0&width=87

3 Galeride Göster

Temel Bilgiler ve İstatistikler

Aktiflik: Şu anda DH'de değil
Son Giriş: 11 yıl önce
Son Mesaj Zamanı: 11 yıl
Mesaj Sayısı: 8
Gerçek Toplam Mesaj Sayısı: 11
İkinci El Bölümü Mesajları: 0
Konularının görüntülenme sayısı: 204 (Bu ay: 0)
Toplam aldığı artı oy sayısı: 0 (Bu hafta: 0)
En çok mesaj yazdığı forum bölümü: Mobil Cihazlar

Mesajları

İkinci El Referansları