Oyunda, daha önceden bir Assassin (suikast) tarikatına mensup olan Altair adlı karakteri yöneteceğiz. Oyunun geçtiği tarihten birkaç yıl önce kendisine çok önemli bir görev verilen Altair bu görevi yerine getiremez ve mensup olduğu Assassin tarikatı liderinin gözünden düşer. Belli bir süre kabuğuna çekilen karakterimize hiç beklemediği bir anda gelen bir haber, Altair�in eskiden bulunduğu konuma tekrar gelmesi için bulunmaz bir fırsattır ve o da bunu sonuna kadar kullanacaktır...